戰國時代，為了成長成為一名出色的忍者，貧民之家的少年亂太郎（加藤清史郎 飾）進入了一流的忍者學校忍術學園學習。就讀於一年葉組（一年は組）的亂太郎結識了好吃貪睡的新兵衛（木村風太 飾）、幹著多份兼職的孤兒霧丸（林遼威 飾）以及許多同齡好伴侶。小忍蛋們每日的學習緊張有趣，搞怪不竭。在第一年的暑假，四年葉組的齊藤鷹丸（溝口琢矢 飾）和父親齊藤幸隆（鹿賀丈史 飾）遭到刺客萬壽鳥（竹中直人 飾）和土壽鳥（石垣佑磨 飾）的襲擊。由此引發了忍術學園和稗田八方齋（鬆方弘樹 飾）率領的毒竹忍者隊的大對抗。究竟誰能敲響打鳴寺的鍾聲？忍蛋和毒竹忍者的對決就此展開……