進入了明治時代，曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健飾）已經習慣了神穀道場的安寧生活。誰知就在這一天，倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通（宮澤和史飾）將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的誌誌雄真實（藤原龍也飾）當年被新政府背叛，僥幸活下來的誌誌雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後，深感背負不可推卸責任的劍心隻身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳飾），還在新月村和誌誌雄有了第一次的遭遇。與此同時，相樂左之助（青木崇高飾）,神穀薫（武井咲飾）,明神彌彥（大八木凱鬥飾）,齋藤一（江口洋介飾）也相繼趕往京都。陰雲密布的時代，醞釀著一場席卷全國的風暴……