洪荒時期，黃帝、炎帝、蚩尤三大部落爭取天下。炎帝部落老首領之子熾因不滿父親將首領之位傳於身世不明的炎而發動叛亂。炎帝平息了叛亂後，熾下落不明。不久，炎帝被黃帝打敗之後，突然隱姓埋名遠走他鄉。多年後炎帝化名為神農，嚐百草救世人。多年後，熾化名為瘟神，處處與神農作對，更製造出瘟疫，禍害世人，令神農苦苦無法破解。 

炎帝部落的衰落使得爭取天下的大戰將在黃帝和蚩尤間展開。一次，雙方交戰正酣，突聞各自部下來報：自己部落中發生大規模瘟疫。黃帝和蚩尤立刻收兵，趕回各自部落查看救援。 

黃帝發現自己的很多子民在這場大瘟疫中患病、喪生，憂心忡忡。人群中，黃帝發現了幫助救治病人的神農。兩個老對手再次相逢。黃帝對神農既充滿怨恨又十分敬重。盡管神農用盡了方法，也隻能暫時控製瘟疫的蔓延，並不能夠徹底的消除瘟疫。神農感懷世人疾苦，獨自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。