在高華大學變異的經曆總在重演，關於軍方通緝的亦圍繞在腦海，科學家Bruce Banner（愛德華·諾頓 Edward Norton 飾）就在這樣的夢魘下在巴西一邊控製著體內的伽馬輻射帶來的異常，一邊努力和紐約的藍先生尋求解決辦法。 

在汽水生產廠房的他一日不小心割傷手指，讓血滴入了汽水瓶，遠銷到美國的這瓶汽水暴露了他的行蹤。美國軍方窮盡能力追捕他，還找來求勝心切的英國霹靂將軍Emil Blonsky（蒂姆·羅斯 Tim Roth 飾）。被逼到絕路的Bruce變身為綠巨人，Emil和其他軍人都大吃一驚。為了親手擒住Bruce，Emil建議給自己注入可使基因變異的樣本。 

Bruce在美國隱匿時遇到舊女友Betty Ross（麗芙·泰勒 Liv Tyler 飾），Betty義無反顧地站在他一邊，同時發現，她擁有令他體內綠巨人安穩的力量。 

那邊Emil已經被求勝蒙蔽了眼睛，他的尋釁加上美國軍方極度想利用Bruce體內異能作為殘暴行徑的決心，一場大戰已經避無可避。