在《神奇動物在那裏》第一部的結尾，紐特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 飾）協助美國魔法國會，將強大的黑巫師蓋勒特·格林德沃（約翰尼·德普 Johnny Depp 飾）抓捕歸案。但格林德沃不久便兌現狂言成功越獄，並開始糾集信徒，著手實現他們的邪惡目的：讓純血統的巫師成為統治階層，鎮壓一切非魔法生物。 

為挫敗格林德沃的陰謀，阿不思·鄧布利多（裘德·洛 Jude Law 飾）向昔日的學生紐特·斯卡曼德尋求幫助。紐特欣然允諾，卻沒有意識到，他將踏上的會是一段充滿艱險的未來征途。此時的魔法世界麵臨空前的分裂亂局，階層鴻溝日益加深，愛與忠誠備受考驗，至親好友也可能反目成仇……