《鋼之煉金術師：歎息之丘的神聖之星》是獨立於此前兩部動畫內容的全新故事。在位於中心首都的監獄，即將刑滿的男人梅爾文逃獄出脫了，他把握著神秘而強大的煉金術。為了追尋這個男子的身影，愛德華與阿爾馮斯來到了西部邊境，被稱作聖地的“米洛斯”。在這個被巨大岩石包圍的地方，兄弟二人碰到了少女茱莉亞，並被一個名叫黑蝙蝠的反抗組織捕捉。隨著調查的深入，他們逐漸了解到這個城市裏隱藏著的血腥曆史…………