明朝熹宗年間，宦官魏忠賢圖謀不軌，陷害忠良。東林黨人顧憲成等豪俠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，諸忠良遭魏殺害，唯顧憲成小女小雲攜“羊皮密卷”水遁逃去，投奔錢員外以求暫且棲身。錢員外貪功圖利，欲向東廠報告，被幼女玲玲、幼子小胖發現後，告之小雲。幸有一神秘道士“不知道人”飛身將小雲救走，並竊走落入錢員外手中的“羊皮密卷”，將小雲安置在一破廟中。廟中一名叫石頭的小乞丐將小雲打扮成乞丐女，混入街市尋找其他忠良後代。小雲和石頭結識了頑童小豆子和鼻涕蟲。在他們走投無路之際，又有野道士暗中以“飛葉傳書”指引他們投奔少林寺。來到寺門前，又遇見另一忠良遺孤高天鵬。少林寺念及孩子們的處境，破例收他們為弟子，交青草大師引領。一天，小雲隨少林寺俗家弟子至善外出學劍法，途中被魏忠賢手下殺手認出，雙方激戰，神秘道士助至善擊退殺手。得到消息後，魏忠賢下令圍剿少林寺。青草大師、至善護送孩子們離寺躲避。方丈被捕當作人質。為救方丈，小雲私自下山而陷入重圍。正當小雲不支之時，道士、笑癡僧及師妹青青、苗苗趕來助戰。道士戰死，小雲亦身中毒箭落井而亡。f臨終前，小雲將“羊皮密卷”托交至善。笑癡僧掩護至善、青青、苗苗突圍。青草大師這時也已被東廠高手殺害。少林寺武惠師叔率至善等來到幹佛崖古穴絕地，利用曆代少林寺祖師遺留穴中之玄機，將追來的魏忠賢的手下先後除去。魏忠賢身懷刀槍不入之童子功，將他們逼向絕境。至善和苗苗悟出穴中有遺字秘訣，將蠟封閉氣中的心明大師由蠟封中引出。心明大師用盡丹田修練的真元之氣，全力一擊，將魏忠賢的童子功破除，自己因元氣大損而亡，但保住了忠良之後、少林幼苗。