影片將背景設在60年代古巴導彈危機產生時，講述在變種人未被世人所知的時候，Charles Xavier和Erik Lensherr還沒有被人稱作“X教授”和“萬磁王”。他們隻是變種人中最早發現自己超能力的兩個年輕人。他們那時也不是對手，而是非常親密的朋友。兩人以及其他幾個變種人在一起工作，試圖阻止“末日”的到來。但在這個過程中，兩人之間出現了裂縫，最終，在萬磁王的兄弟會與X教授率領的X戰警之間，一場永恒之戰開始了........