位於東京西部的巨大“學園都市”。 在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。 在這樣的學園都市君臨能力者頂點的最強能力者·一方通行。他在僅有7人的“超能力者”當中也以遠超其他人的能力位居第一，也因為這種力量而過著充滿殺伐的日常。不斷重複、脫離常軌的“實驗”，以及在追求絕對力量的最後品嚐到的敗北。在那之後，隨著與一位少女——最後之作的相遇，他的命運產生了巨大變化。 最強而最凶的“惡”——一方通行， 掃平學園都市的“黑暗”!!