韋小寶（周星馳飾）與神龍教聖女龍兒結仇，龍兒回到聖壇易容（變成了林青霞），並接任了教主之職、韋小寶奉皇上旨意，到雲南安撫即將造反的吳三桂父子，路上被獨臂神尼、神龍教、天地會、雲南王等多方勢力挾持終得逢凶化吉、還博得了包羅龍兒在內的眾多姑娘的芳心。韋小寶達到雲南並順利地衝擊了吳三桂父子，回到京城受到皇帝賞識，但由於此時韋小寶身份過於複雜，韋小寶得到了《四十二章經》的啟示，找到了滿清寶藏，為皇上除掉了壞人，榮歸故裏。