剛入讀箱庭學園的一年級少女黑神目高，因為本身成績優秀、運動萬能、完美的外表加上身材，以接近100%的支持率成為新一代學生會會長，並和青梅竹馬人吉善吉一起解決學生的問題。但在解決不少問題學生的同時，卻逐漸接觸了由箱庭學園理事長不知火袴所創立的玻璃瓶計劃——希望聚集異常者而製造出可以成為天才的技術，於是學生會與異常、超異常、過負荷等等的存在便不斷展開。