第三季跟第二季時空相隔三年，反恐小組的托尼跟米歇爾結婚了，傑克的女兒金加入了反恐小組當電腦分析員，跟父親下屬切斯產生了感情；令人意外的是傑克為調查毒販當臥底不幸染上毒癮；總統帕爾瑪康複後身邊多了個私人醫生女友，而總統的弟弟韋恩則成為他的得力助手，麵對連任的壓力，又要化解生化危機。