在從地獄般的巴拿馬監獄Sona逃出來後，Michael Scofield和Lincoln Burrows兄弟倆決定主持正義，搞倒公司，讓這個隱藏在暗處的，毀掉了兄弟倆的生活，還謀殺了Michael的摯愛Dr.Sara Tancredi的組織血債血償。在複仇的路上，當Michael得知Sara還活著時，兄弟倆意識到唯一能夠恢複到正常的生活徹底自由的辦法就是找到Sara並徹底搞垮公司。