籠罩在接連不斷的窮凶極惡犯罪事件下的日本。沒有官方設立的諜報機關的日本,對國內外的犯罪集團來說是一個極易下手,管製寬鬆的好地方。為了打破現狀,警察廳內組建了一支名叫“k?13”的部隊。k?13”的行動隻有個別相關人士知道,並在檔案上抹去了他們在這個世界上的存在。以被稱為“Code: Mirage”的頭號特務為首,“k?13”的成員需要背地裏處理的不僅是窮凶極惡的犯罪事件,還有出於政治原因和社會原因不能明麵解決的犯罪行為。