在3×01《And the Rise of Chaos》中，古埃及的混亂之神阿佩普侵入一具人類軀體，發誓要讓世界陷入純粹的邪惡，正邪之間的終極決戰就此開始（在第三部《圖書館員》電視電影中，Judson曾警告Flynn這場戰鬥終會到來）。為了阻止他，圖書館員必須在一座科學博物館中尋找一係列線索——包括一個突然獲得生命的人體模特發出的神秘警告。