經曆第一集中的腥風血雨之後，伯恩(馬特-達蒙 飾)終於找到了自己的身份，他就CIA特工大衛-韋伯，現在他和自己的女友化名隱身在一個偏僻遙遠的海濱小鎮，享受著兩人世界的甜蜜和寧靜。雖然伯恩不願意回視過去，但“過去”卻一直都在追隨著他，他們不會讓讓這樣的寧靜保持下去，依靠職業養成的靈敏嗅覺，伯恩發現秘密組織的殺人者已經潛入小鎮，為了守護女友瑪麗-克魯茲(弗蘭卡-波騰特 飾)，他沒有選擇，必須戰鬥。 　　是一起國際政治刺殺事件讓CIA重新審閱已經失蹤的伯恩的檔案，一名中國副總理被職業殺人者刺殺，刺殺者留下的證據顯示他的名字叫“傑森-伯恩”，這是大衛-韋伯從前在中心情報局的化名。於是大衛-韋伯不僅僅要防禦秘密組織暗地裏的追殺，還要避開時刻尋找他的CIA特工。在上一集中和伯恩並肩作戰的尼科萊特(茱莉婭-斯蒂爾斯 飾)信任伯恩，但她發現自己也身陷困境，CIA的高層上司懷疑她與伯恩合謀，並且認定伯恩現在已經成為了他們的頭號敵人。事態似乎變得越發失去控製，四麵楚歌的“伯恩”現在隻有單槍匹馬地去找出那個冒充自己的人，洗刷自己和尼科萊特的清白……