2029年3月，日本首相慘遭暗殺，在這起戰後以來最為嚴重的事件中，草薙素子（阪本真綾 配音）的前上司——陸軍501機關的機關長庫露茲（淺野麻由美 飾）也不幸遇難。為了調查幕後真凶，素子迅速將巴特（鬆田健一郎 配音）、陀古薩（新垣樽助 配音）等人召集起來。“你們隻是我的一部分零件而已，對於沒有用處的零件我會斷然剔除。” 素子如是說道，這番話自然而然引起成員們的不滿。雖則如此，巴特等人的搜查還是取得了突破性的進展。在暗殺事件背後，隱隱約約隱藏著一個能夠左右義體開發進程的技術障礙“Dead End”及其相關的政治交易。而隨著調查的深入，一種能夠消除並篡改記憶的電腦病毒“Fire Start”也浮出水麵。不久後隊員們發現，這一連串神秘事件竟然都與素子誕生的秘密有關。誰是幕後真凶？“第三世界”是否存在？暗殺首相的真實目的是什麽？前所未有的陷阱等在前方，素子不得已隻身踏上隻屬於自己的戰場。在離開前，她向六名隊員下達了最後的命令：“遵循你們自己的Ghost！”這句話改變了巴特等人的命運，同時標誌著傳奇戰隊——攻殼機動隊的誕生…