挑戰不可能！
從強大敵人的手中奪回被搶走的秘寶！
魯邦一夥最初的工作。
目標是堅不可摧的要塞型金庫“方舟”。
公元前40年代的古羅馬，安東尼贈與埃及豔後克婁巴特拉七世的“世界上最美麗的珠寶”，“光之項鏈”上鑲嵌著“鮮紅紅寶石”的極致寶物“緋紅之心”。該寶物很久之前失竊，此後便消失在了曆史的黑暗中。
到了現代，紅寶石和項鏈的所有人，代表東洋和西洋的兩大富豪，掌管亞洲地下社會的Mr.普拉穆克和曾經作為亞森?魯邦的搭檔而聞名的老賊道森互相盯上了對方的秘寶。國際刑警組織的錢形警部收到消息，稱全世界的小偷都將在道森的宅邸集合。屆時會宣布盜賊團“The Works”的下任首領。在紛紛到場的小偷中，出現了國際通緝犯魯邦三世的身影。道森打算推薦故友的孫子魯邦為首領。
等待這場集會的普拉穆克操控視魯邦為對手的邁克爾?李，成功暗殺了道森。拿到項鏈後成功完成了“緋紅之心”。
魯邦繼承道森的遺誌，發誓要奪回秘寶。秘寶就被保管在“方舟”，一個在地圖上沒有記載的叢林裏，由地雷陣和武裝兵守衛的堅不可摧的要塞型金庫中。
魯邦三世和次元大介、峰不二子、石川五右衛門一起，挑戰這“絕不可能完成”的任務！?