緊接上一部，傳奇劍客緋村劍心(佐藤健 飾)終於和繼承了他劊子手悲劇命運的誌誌雄真實(藤原龍也 飾)展開宿命對決。暴雨狂瀾籠罩下的西洋艦“煉獄”上，緊隨劍心腳步而來的神穀薫(武井咲 飾)被推落漆黑的大海。為了營救心愛之人，劍心不顧一切跳入海中。
　　恍惚之間，劍心看到了自己悲劇的童年，以及和師父比古清十郎(福山雅治 飾)最初的相遇。當從昏迷中醒來後，他得知自己隨著波濤漂流到一座孤島之上，恰巧被師父搭救。親身體驗到誌誌雄強大而可怕的實力，懷著一腔悲痛的劍心請求師父傳授飛天禦劍流最高奧義劍法。在經受了加諸身心的巨大考驗和洗禮後，劍心踏上前往東京的旅途，期間率先遭到當年曾在江戶無血開城事件中起著至關重要作用的密探首領四乃森蒼紫(伊勢穀友介 飾)的阻擊。
　　另一方麵，誌誌雄的魔爪終於伸到東京。當他得知劍心可能生還之際，遂脅迫伊藤博文(小澤征悅 飾)對這個難纏的對手發出通緝令。曾經為明治維新的勝利立下汗馬功勞的劊子手拔刀齋，此時此刻麵臨著“暗殺罪”的指控。當劍心曆經艱辛回到東京，等待著他的卻是被捕甚至斬首的命運。
　　“煉獄”之上的決戰即將到來，劍心、相樂左之助(青木崇高 飾)、齋藤一(江口洋介 飾)、京都禦庭番眾和以瀨田宗次郎(神木隆之介 飾)為首的十本刀展開連番激烈而精彩的對決。這群從舊時代走到新時代的人們，各自心頭留下了難以磨滅的烙印。而今懷著不同信念的他們，賭上了全日本的命運，善惡修羅場的較量終於被推向了頂點！