圍繞著國外卡爾特資源問題的示威活動越演越烈，在新濱市發生警備機動隊屠殺遊行名眾的事件，起因為「火種」所引發的電子腦感染。草薙素子所組成的獨立出擊部隊，基於自己的正義對事件展開調查，而草薙展開調查的同時，也逐漸接近隱藏在事件核心的機器少女?艾瑪以及稻草男?布林達二世的靈魂所追求的東西…