《使徒行者》借用不同人對正義不同的詮釋，引發人性的鬥爭。由小混混販毒到官商勾結，劇目所見，人的核心價值慢慢被侵蝕，為了權和利，每個人都可以被背叛與出賣。要改變一切，到底要加入建製，還是要破壞建製？

　　　市井臥底　委以重任

　　　丁小嘉（佘詩曼飾）成長於聲色犬馬的砵蘭街，被三個妓女撫養長大，耳濡目染下，養成一身江湖習氣。小嘉投考警察後，被刑事情報科的康道行委派做專責收集情報的臥底，並在砵蘭街經營沐足店作為掩飾。可惜，道行因查出警隊內部的害群之馬而被殺人滅口，而出事之前他為了保護查出關鍵的臥底，將包括小嘉在內的五個臥底資料全部刪除。正當小嘉惶惶不可終日之時，刑事情報科總督察卓凱（苗僑偉飾）以新接頭人的身份聯絡小嘉，希望她協助尋回其他四名下落不明的臥底。

　　薛家強（林峯飾）是一個不折不扣的賭徒，混跡於“撻沙”遊達富（彭懷安飾）的外圍集團做“大艇”，並與好兄弟張木榮（梁烈唯飾）從事製冰廠的工作，掩飾自己的外圍生意。小嘉混入家強的外圍集團，成為旗下“艇仔”，更憑其聰明機智，令家強旗下的外圍盤數飆升，助他迅速上位。小嘉雖然小心行事，但在追尋其他臥底的過程中，渾然不知自己的身份已被家強慢慢識破。

　　黑幫巨頭　重奪勢力

　　曾經叱吒江湖的黑幫大佬覃歡喜（許紹雄飾）出獄，身邊還伴隨著一位在獄中招攬的財技高手連浩勤（沈震軒飾)。浩勤入獄前在金融機構工作，後來因為虧空公款而入獄，浩勤的女朋友莫羨昕認為浩勤為錢不擇手段，毅然提出分手。浩勤出獄後重遇羨昕，卻發現前女友已是O記總督察葉兆良（鄧健泓飾）的未婚妻。

　　失意的浩勤運用機智與財技，在極短時間內為歡喜在金融市場大撈一筆，迅速成為歡喜的得力助手。當時正值社團選舉年，身家暴漲的歡喜為報“撻沙”陷害之仇，誓言要在坐館選舉中奪回失去的一切。歡喜的出現改變了黑幫勢力架構，家強認為與歡喜合作才能繼續發圍，二人使計令撻沙整個勢力一夜瓦解，家強因此獲歡喜賞識，與小嘉一同加盟其勢力集團。自此，小嘉、家強、浩勤成為歡喜的左右手。

　　正邪相鬥　情義兩難

　　　卓凱多年來在警隊仕途一帆風順，擔任ICAC調查員的羨昕覺得可疑，更懷疑卓凱與警方高層受賄一事有關，對卓凱展開調查，令謹慎的卓凱變得警惕。卓凱利用CIB技倆作反監聽，無意中發現羨昕的姊姊莫羨晴（江美儀飾）遭遇家暴，卓凱不禁出手相助，沒想到自己卻意外地進入了羨晴的感情世界……

　　另一方麵，卓凱通過調查發現，黑白兩道背後都存在比所知勢力更大的黑影，金錢與政治的黑暗緊密相連。卓凱一方麵要應付ICAC的嚴密監視，又要與警隊內的害群之馬角力，重重挑戰接踵而來。同一時間，小嘉收到卓凱情報，得知歡喜之上還有一個幕後金主，操縱整個黑幫勢力的發展。為了能夠正麵接觸金主，卓凱要求小嘉變節，借用家強、浩勤等人的力量，鏟除關係與自己情同父女的歡喜，情義兩難全，小嘉如何抉擇？另外，她最終能否成功找回下落不明的臥底？