三坪房間的侵略者！？」的故事圍繞著幽靈、扮裝少女、地底人、外星人，以及武藝高強的房東--這些出現在高一新生裏見孝太郎身邊的美少女軍團展開。看似可以過上宛若被置身於天國的桃色生活的孝太郎，卻被這些美少女攪得煩惱不已。於是為了捍衛租金超便宜的可樂娜莊一〇六號房，孝太郎每天都過著同美少女侵略者鬥智鬥力的生活。