第三季相比於第二季時空相隔了三年。首先是一具感染了致命病毒的屍體被扔在了洛杉磯衛生中心外麵。Tony和Michelle結了婚，並且已是CTU的主管。他接到了來自一個名為Hector Salazar的墨西哥毒梟的恐嚇，他聲稱如果不把他的哥哥Ramon釋放，會有更多的人感染上這種病毒。事實上，Ramon是Jack通過做臥底抓回來的。就在Jack和他的新搭檔Chase審問Ramon時，Ramon殺死了自己的律師，並且對Jack他們說了一些奇怪的話。Palmer總統還活著，並且三年來首回洛杉磯，目的是參加新一輪總統競選的辯論會。他的弟弟Wayne成了他的首席助手，而他的私人醫生Anne Packar成了他的女友。一個名叫Kyle Singer的年輕人拿著一包看似毒品的白色粉末，他晚些時候要把這包東西送到交易人的手裏，而同時Salazar的手下正在監視Kyle。Kim此時也在CTU工作，並且和Chase交往了三個月。Kim決定在今天把這件事告訴Jack，但是Jack似乎染上了毒癮時也在CTU工作，並且和Chase交往了三個月。Kim決定在今天把這件事告訴Jack，但是Jack似乎染上了毒癮……