科學忍者隊是以生命體持有的精神性特異能力的實體化物體"NOTE"作為力量源泉，身穿特殊強化戰鬥服的一支團隊。其主要人員是評議會派遣的宇宙人以及具備潛在能力的地球人，任務是保護地球不地球不受異星人犯罪者的危害。然而，近幾年出現了就連評議會也無法把握正體的謎之存在"MESS"，科學忍者隊的主要任務便是與"MESS"展開對抗。