作惡多端的大鯊魚TROY又回來了！這次他揚言要趁漲潮之日橫掃整個珊瑚礁！曾經靠著自身力量而打敗大鯊魚的小魚派，這次將再次肩負起拯救大家的使命。可是這次TROY不再是單人匹馬，他身邊多了幾個跟隨的爪牙，而且他本身在被人類捕獲期間因為被注射了強化氨基酸而變得更加強大。於是在老海龜的建議下，小魚派決定把身邊幾個願意跟隨的好友訓練成跟自己一樣能運用海洋力量的戰鬥好手。但是操之過急的強化訓練並沒有取得理想的效果，反而讓大家深感疲憊和無力。就在大家都失望的時候小鯊魚RONNY提出舉行一個海底表演，讓人類注意到他們，從而讓珊瑚礁變成觀光區，這樣鯊魚就不能過來了。RONNY還設計出一套“能發揮每個人長處”的做法，眾人都很喜歡這套新訓練方法。小魚派逐漸被大家疏離覺得非常沮喪。在老海龜的提點下，他明白到凡事都不是靠自己一個人可以完成，群策群力才是解決問題的好方法！重新整理好思緒的小魚派回到了珊瑚礁，但糟糕的是小魚派的女友被TROY抓走了！一方麵要前往拯救女友，一方麵要防禦漲潮日鯊魚們的入侵，小魚派按照各人的長處為他們分配好工作。最終在大家的努力下，他們趕走了凶猛的鯊魚，還把小魚派的女友救回來，珊瑚礁又恢複了往日的平靜和歡樂。