故事描述在漂亮的澳洲大堡礁海域中，活潑好動的小醜魚尼莫，不幸被專門收藏觀賞用魚的潛水人士捉到，被賣入悉尼一間牙科診所中，成為魚缸中眾多觀賞魚的一分子。尼莫開始必須麵對一群生疏又怪異的新朋友，還得擔心如何能與父親老爸團聚；而另一方麵，心急如焚的老爸決心要遠度重洋試圖找到尼莫，沿路上還遇見了熱心助人，但隻有短暫記憶的帝王魚多莉。他們不畏艱險踏上了營救尼莫的驚險旅程；而老爸是否能順利的營救尼莫，父子重新團圓呢？