1999年，由於數碼世界資料異常增生，導致數碼世界和現實世界的連接發生紊亂。地球上相應地出現奇怪的自然現象：東南亞沒有下雨，池塘全部幹涸；中東卻因為連場大雨發生洪水；美國則遇到有史以來最寒冷的冬天。
11歲的少年八神太一和他的六個朋友一起參加了夏令營，卻被神秘地送到了一個多彩的數碼世界。在那裏，他們得到了叫做“數碼寶貝”的搭檔。這些孩子被認為是數字世界的未來，他們與數碼寶貝們一起要解開控製這個可怕的數碼世界之謎。當他們踏上這個偉大的征程時，因特網成了他們的戰場。
進入數碼世界的八神太一他們遇到了凶惡的怪獸貝殼獸，眼看大家都要被抓住的時候，太一的亞古獸忽然進化成為暴龍獸，拯救了他們。進化到底是怎麽回事情？數碼世界究竟是什麽？無數的謎團出現在被召選的小朋友們麵前。隨著故事的發展，漸漸地數碼寶貝變得更加強大，而小朋友們也開始明白友情的重要。
通過無數的努力和巨大的犧牲，孩子們終於戰勝了極惡魔王，取得了勝利，坐公交車，返回地球。
