巨神戰擊隊主要講訴了故事敘述阿空、阿靜、阿能、阿震、阿風和楊一擊等六位個性迥異的年青人，在曾受過軍事訓練的唐少校、柯娜和福伯帶領和幫助下，互相融合、互相接納、彼此學習，逐漸成長為擁有強大的愛心、超凡的意誌及守護正義的能力的有為青年，組成了團結勇敢、戰無不勝的“巨神戰擊隊”。 六個年青人運用各種高科技神奇力量去對抗想要破壞並百度影音占領地球的邪惡勢力，他們不斷地迎接一次又一次挑戰，不斷地在戰鬥中學習成長，在曆經無數次艱難險阻之後，最終在大家團結齊心的不懈努力之下，戰勝了邪惡力量，保護了地球的和平（劇中還會出現大機器人）。