前往調查地落在太平洋的不明飛行物的海上自衛隊二尉-有慟貫文，突然遭遇到青色光芒，而在這光芒影響下其細胞產生異變而變成凶惡怪獸THE ONE ，之後他在防衛廳的特殊機關BCST(對生物恐怖活動研究機關)的監視下脫逃而失去蹤跡 ，另一方麵，航空自衛隊F15J駕駛員-真木舜一，為了很和鮮有時間相處患有先天性絕症的兒子-繼夢在一起,因而而決定辭職 ，在最後一次飛行時，真木在空中跟紅色光芒在空中發生衝撞 ，此事跟THE ONE事件相隔了3個月 ，但是真木奇跡的生還，然後轉職成民航機飛行員，展開了新生活 ，對這樣的真木還是有機關非常關注，尤其是BCST中的化學擔當官-水原沙羅，BCST將真木強製帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進行身體上的監視 ，此時行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來了 ，遭受THE ONE攻擊而瀕死的真木，身體發生了變化，在紅色光球的力量之下變身了 ，變身成身高10M擁有銀色光芒的鋼鐵身體型態，偶而還有自己意誌的真木，跟THE ONE展開作戰,但是因為變身不完全，能量快速消耗，在遭到決定性的一擊後變回了真木舜一的型態 ，然後沙羅將這個在THE ONE之後出現的生命體定名為THE NEXT ，真木在從東京被護送回BCST研究室的途中得知了兒子繼夢入院的消息，在趕到醫院後跟妻子蓉子再次的碰麵了 ，此時，人類最大的危機出現了，在吸收了各式各樣的生物進入體內而產生變異的THE ONE重返出現在新宿的街道上，從口中發出的的超絕火炎光彈將街道燒毀殆盡 ，有慟的人格已經被THE ONE取代，已經成為不能變回為人的狀態 ，不過那樣的有慟以前與水原沙羅卻是有著婚約的情侶 ，為了沙羅心中的回憶，並且為了跟兒子繼夢的約定，為了保護心愛的家族，真木再次變身。那個姿態更加進化成巨大化40m，在間接部有像流血般的紅色，兩肘的特征是出現肘刀。 ，現在，以新宿副市中心為舞台，ULTRAMAN與"THE ONE"的決戰之火開始燃燒了！