《伽利略禁斷的魔術》描寫了“沉默的遊行”4年前發生的事件。刑警草剃俊平和部下牧村朋佳來到帝都大學副教授湯川身邊。在被殺害的自由撰稿人長岡修的房間裏，突然發現了倉庫牆壁上有個洞的奇怪視頻文件。看了動畫很少見地抱有興趣的湯川。“讓我看看拍攝影像的地方”，草剃一邊注意著湯川不尋常的樣子，一邊和牧村一起前往現場。